Nakon što je katolička crkva proglasila relikviju jezika sv. Ivana Nepomuka za "nepropadljivu" 1719. god., odmah se pristupilo izgradnji prikladne hodočasničke crkve na mjestu gdje je ovaj svetac primio prvi vjerski nauk. Posvećena je 1720. godine, u vrijeme procesa beatifikacije sv. Ivana Nepomuka (proglašen je blaženim 1721., a kanoniziran 1729. godine), ali je izgradnja nastavljena do 1727. Crkvu, njezino uređenje i njezin namještaj dizajnirao je Santini u duhu jako kompliciranog simbolizma i gotičkih elemenata koji su tada bili jako rijetki i originalni. Crkva je neovisna prostorna stvarnost temeljena na dominaciji broja "5" koji se ponavlja posvuda u crkvi, stranicama tornja, proporcijama i tlocrtu.
Pola stoljeća poslije, nakon požara, oblik krova je promijenjen, a 1994. godine upisana je na UNESCO-ov popis mjesta svjetske baštine u Europi kao neobično i originalno djelo velikog arhitekta.