Za razliku od proteklih godina kad je vaterpolo prvenstvo bilo održavanu u sklopu državnog prvenstva u plivanju i vaterpolu koje bi se održavalo kroz dva ili tri dana, za 1939. je Jugoslavenski plivački savez (JPS) reoganizirao sustav plivačkih natjecanja u Kraljevina Jugoslaviju u četiri dijela:
prvenstvo Istočne Zone za klubove Beogradskog podsaveza
prvenstvo Zapadne Zone za klubove Zagrebačkog i Ljubljanskog podsaveza
prvenstvo Primorske Zone za klubove Sušačkog, Splitskog i Dubrovačkog podsaveza
Prvenstva zona se održavaju u jednom terminu – 29. i 30 srpnja, a potom ponjednici ili predstavnici iz pokrajinskih prvenstava igraju nacionalno natjecanje 5. i 6. kolovoza 1939. kod pobjednika Zapadne zone.