Organizator natjecanja bio je Nogometni savez Herceg-Bosne sa svojim regionalnim nogometnim savezima. U prvoj fazi natjecanja do početka završnice kupa odnosno četvrtfinala igralo se po regionalnim nogometnim savezima. U četvrtfinale su se plasirala četiri kluba iz Neretvansko-hercegovačkog i Livanjsko-ramskog regionalnog saveza savez te po dva kluba iz Regionalnih saveza Središnje Bosne i Bosanske Posavine.
Kako je početkom svibnja počela srpska ofenziva klubovi iz Bosanske Posavine, 19. srpnja i Dinamo, nisu mogli igrati utakmice pa su tako u četvrtfinalu odigrane samo dvije, a Sloga i Mladost Dubint su prošli u polufinale bez borbe.[1] Prvotna odluka Izvršnog odbora NS Herceg-Bosne bila je da pobjednici druga dva para u polufinalu budu domaćini što na kraju nije realizirano te je održan ždrijeb prema kojemu su oba pobjednika tih utakmica, Vitez i Ljubuški, bili gosti.[2]
Finalna utakmica koja se trebala odigrati 7. lipnja na Stadionu Zrinjskog zbog opće opasnosti i srpskog granatiranja Mostara je morala biti odgođena za četiri dana te je odigrana 11. lipnja na Pecari u Širokom Brijegu.[3]