stara zbirka crteža i grafika od 15. do 19. stoljeća, zbirka crteža i grafika 20. i 21. stoljeća, zbirka plakata, zbirka grafičkih ploča i kalkografska radionica
Razred za društvene znanosti Razred za matematičke, fizičke i kemijske znanosti (Odbor za fiziku • Odbor za kemiju • Odbor za matematiku) Razred za prirodne znanosti (Odbor za geokemiju • Odbor za krš • Odbor za primijenjenu genomiku) Razred za medicinske znanosti (Odbor za alergologiju, kliničku imunologiju i biološke preparate • Odbor za animalnu i komparativnu patologiju • Odbor za aterosklerozu • Odbor za genomiku i proteomiku u onkologiji • Odbor za kardiovaskularne bolesti • Odbor za medicinsku leksikografiju • Odbor za medicinu rada, športa i zdravstvenu ekologiju • Odbor za neuroznanost i bolesti mozga • Odbor za orofacijalne bolesti • Odbor za tumore) Razred za filološke znanosti (Odbor za dijalektologiju • Odbor za etimologiju • Odbor za hrvatski latinitet • Odbor za leksikografiju • Odbor za onomastiku • Odbor za orijentalistiku) Razred za književnost Razred za likovne umjetnosti Razred za glazbenu umjetnost i muzikologiju Razred za tehničke znanosti
Znanstveno-istraživačke jedinice
Zavod za povijesne i društvene znanosti u Zagrebu (Odsjek za povijesne znanosti • Odsjek za arheologiju • Odsjek za etnologiju • Odsjek za ekonomska istraživanja) • Kabinet za arhitekturu i urbanizam i Arhiv za likovne umjetnosti • Kabinet za pravne, političke i sociološke znanosti Juraj Križanić • Jadranski zavod • Zavod za povijest i filozofiju znanosti (Odsjek za povijest prirodnih i matematičkih znanosti • Odsjek za filozofiju znanosti • Odsjek za povijest medicinskih znanosti) • Zavod za ornitologiju u Zagrebu • Zavod za paleontologiju i geologiju kvartara u Zagrebu • Zavod za povijest hrvatske književnosti, kazališta i glazbe (Odsjek za povijest hrvatske književnosti • Odsjek za povijest hrvatskog kazališta • Odsjek za povijest hrvatske glazbe) • Zavod za lingvistička istraživanja u Zagrebu • Zavod za imunologiju i genetiku tumora • Antropološki centar • Zavod za promet • Zavod za povijesne znanosti u Zadru • Zavod za povijesne i društvene znanosti u Rijeci • Zavod za povijesne znanosti u Dubrovniku • Zavod za istraživanje korozije i desalinaciju • Zavod za znanstveni i umjetnički rad u Osijeku • Zavod za znanstveni i umjetnički rad u Splitu • Zavod za znanstveni rad u Varaždinu • Zavod za znanstvenoistraživački i umjetnički rad u Bjelovaru • Zavod za znanstveni i umjetnički rad u Požegi • Centar za znanstveni rad u Vinkovcima • Zavod za znanstvenoistraživački i umjetnički rad u Vukovaru • Zavod za znanstvenoistraživački i umjetnički rad u Koprivničko - križevačkoj županiji, Križevci • Zavod za biomedicinske znanosti u Rijeci Hrvatske akademije znanosti i umjetnosti • Zavod za znanstveni i umjetnički rad u Đakovu • Zavod za znanstvenoistraživački i umjetnički rad u Velikoj Gorici
Znanstveno vijeće za antropologijska istraživanja • Znanstveno vijeće za arhitekturu, urbanizam i uređenje prostora • Znanstveno vijeće za daljinska istraživanja • Znanstveno vijeće za državnu upravu, pravosuđe i vladavinu prava • Znanstveno vijeće za ekonomska istraživanja i hrvatsko gospodarstvo • Znanstveno vijeće za istraživačku infrastrukturu Hrvatske • Znanstveno vijeće za istraživanje odnosa Hrvatske i europskog jugoistoka u povijesnoj perspektivi • Znanstveno vijeće za kazalište, film, radio i televiziju • Znanstveno vijeće za kristalografiju HAZU - Hrvatska kristalografska zajednica • Znanstveno vijeće za mir i ljudska prava • Znanstveno vijeće za naftno-plinsko gospodarstvo i energetiku • Znanstveno vijeće za obrazovanje i školstvo • Znanstveno vijeće za poljoprivredu i šumarstvo • Znanstveno vijeće za pomorstvo • Znanstveno vijeće za prirodoznanstvena istraživanja Jadrana • Znanstveno vijeće za promet • Znanstveno vijeće za tehnološki razvoj • Znanstveno vijeće za turizam i prostor • Znanstveno vijeće za zaštitu prirode
Odbori
Knjižnični odbor Knjižnice HAZU • Odbor projekta Hrvatska i Europa • Odbor za imovinu • Odbor za koordinaciju rada znanstvenoistraživačkih i umjetničko-galerijskih jedinica • Odbor za međunarodnu suradnju • Odbor za nagrade • Odbor za normu hrvatskoga standardnog jezika • Odbor za obnovu i razvitak Arboretuma Trsteno • Odbor za Statut • Odbor za suradnju s hrvatskim sveučilištima i znanstvenim institutima • Odbor za utvrđivanje postojanja djela koje nije u skladu s ugledom i dostojanstvom člana Hrvatske akademije • Odbor za zaštitu dobara od nacionalnog interesa
Fundus kabineta sastoji se od oko 19000 predmeta i podijeljen je u četiri zbirke: Stara zbirka crteža i grafika od 15. do 19. stoljeća, Zbirka crteža i grafika 20. i 21. stoljeća, Zbirka plakata i Zbirka grafičkih ploča. Uz njih djeluje i kalkografska radionica.