Sljedeću sezonu u Svjetskom kupu završila je s malim kristalnim globusom u veleslalomu. Taj uspjeh ponovila je još i godinu poslije, te u sezoni 2005/2006. Vlasnica je kristalnog globusa iz slaloma u sezoni 2003/2004. Iste te godine postala je i ukupna pobjednica u poretku Svjetskog kupa. Taj uspjeh ponovila je i godinu poslije.
Anja je postigla 42 pobjede u Svjetskom kupu: 17 u slalomu, 11 u veleslalomu, 6 u spustu , 4 u super-veleslalomu, 3 u kombinaciji i 1 u paralelnom slalomu. Pobjedom u kombinaciji postala je tek četvrta skijašica u povijesti koja je pobijedila u svim disciplinama Svjetskog kupa (uz AustrijankuPetru Kronberger, Šveđanku Pernillu Wiberg i Janicu Kostelić).