Karijeru je započeo 1996. u omladinskom pogonu Salonika. Sa 17 godina prelazi u redove atenskogAEK-a u kojem je kasnije započeo profesionalnu karijeru. S AEK-om je osvojio grčki kup 2001. i grčko prvenstvo2002. godine. Ujedno je proglašen za najboljeg mladog igrača godine grčke lige2002. godine. Odlazi u talijanski Benetton Treviso. S njim je osvojio talijansko prvenstvo i superkup 2006., i talijanski kup 2007. godine. Odlazi u Rusiju i potpisuje trogodišnji ugovor s CSKA Moskvom. S CSKA je u sezoni 2007./08. osvojio Euroligu, a sljedeće sezone stigao do finala istog natjecanja. Zbog ostvaranja nove momčadi, CSKA je otpustio Zisisa koji je postao slobodnim igračem. Nedugo nakon toga dobio je ponudu talijanskog prvaka Montepashija i potpisao ugovor na godinu dana s mogućnošću produljenja na još jednu godinu.[1] Iako je za njegove usluge bio zainteresiran i grčki Olympiakos, Zisis je ipak prihvatio pnudu Montepashija.