Genska ontologija
Genska ontologija (eng. Gene ontology, GO) je međunarodna bioinformatička inicijativa koja je uvedena radi unificiranja prikaza dijela vokabulara bioznanosti, odnosno atributa gena i genskih proizvoda svih vrsta.[1] Rezultat je istoimena ontološka baza podataka koja se neprestano razvija među raznim svjetskim biološkim bazama podataka. Ovaj projekt održava i razvija kontrolirani vokabular atributa gena i genskih proizvoda, anotira gene i genske proizvode, asimilira i rasprostranjuje anotacijske podatke, pruža alate brzog pristupa svim aspektima podataka koje ovaj projekt omogućava te omogućava funkcionalnu interpretaciju pokusnih podataka uporabom projekta Genske ontologije, primjerice putem analize obogaćivanja.
Otvorene biomedicinske ontologije (eng. Open Biomedical Ontologies, OBO) su veći projekt razvrstavanja koji obuhvaća Gensku ontologiju.[2] Ustanove koje sudjeluju u radu GO većinom su iz SAD, a potpore dobivaju od vlasti i poduzeća AstraZeneca.[3] GO je primarno na engleskom, slobodna je pristupa i neutralan prema vrstama.
- ↑ The Gene Ontology Consortium. Siječanj 2008. The Gene Ontology project in 2008. Nucleic Acids Res. 36 (Database issue): D440–4. doi:10.1093/nar/gkm883. PMC 2238979. PMID 17984083
- ↑ Smith B, Ashburner M, Rosse C, Bard J, Bug W, Ceusters W, Goldberg LJ, Eilbeck K, Ireland A, Mungall CJ, Leontis N, Rocca-Serra P, Ruttenberg A, Sansone SA, Scheuermann RH, Shah N, Whetzel PL, Lewis S. Studeni 2007. The OBO Foundry: coordinated evolution of ontologies to support biomedical data integration. Nat. Biotechnol. 25 (11): 1251–5. doi:10.1038/nbt1346. PMC 2814061. PMID 17989687CS1 održavanje: više imena: authors list (link)
- ↑ GO: Funding Arhivirana inačica izvorne stranice od 25. lipnja 2014. (Wayback Machine)
- Konzorcij genske ontologije
- Projekt bjelančevinske ontologije Arhivirana inačica izvorne stranice od 24. prosinca 2014. (Wayback Machine)
- SimCT, mrežni alat koji prikazuje odnose između objekata anotiranih u ontologiji
- GO2PUB Arhivirana inačica izvorne stranice od 29. rujna 2013. (Wayback Machine), upit PubMed sa semantičkom ekspanzijom na izraze genske ontologije
- EAGLi Arhivirana inačica izvorne stranice od 16. veljače 2015. (Wayback Machine), MEDLINE-ov terminološki pojačan (ključne riječi Gene Ontology, Swiss-Prot i sl.) pogon za odgovaranje na biomedicinska pitanja biomedical question answering engine for MEDLINE
- Pretražnik AmiGO
- Biologija semantičkih sustava